Trái Đất bị hủy diệt bởi một giống sinh vật kỳ lạ và tàn ác. Một chàng trai nhận ra rằng anh có sứ mệnh tìm ra con tàu Titan - thứ duy nhất có thể giúp những người sống sót tạo ra một hành tinh giống hệt Trái Đất.
Sau sự kiện của Dead Space, tập đoàn C.E.C đã mất liên lạc với tàu USG Ishimura và căn cứ trên hành tinh Aegis VII. Không lâu sau đó, tàu USG O’Bannon được cử đi để điều tra tình hình, nhưng mọi chuyện đã không diễn ra một cách suông sẻ khi họ tìm thấy mảnh vỡ của Red Marker trên bề mặt của hành tinh đã bị tàn phá này.
Red Ribbon Army - tổ chức tội phạm từng bị Goku tiêu diệt trong quá khứ, nay đã được cải tổ bởi một nhóm người thần bí và bắt đầu tạo ra các Android mới mạnh mẽ hơn (Gamma 1 và Gamma 2). Mốc thời gian trong phim sẽ là năm 784 - khoảng thời gian trước các sự kiện của Peaceful World Saga khi Pan còn đang học mẫu giáo.
Vào năm 2142, trái đất đang đứng trên bờ vực thảm hoạ diệt vong. Bầu khí quyển ô nhiễm trầm trọng. Lúc này, chính quyền các nước nghiên cứu, tạo ra Ecoban, một thành phố có khả năng "tự sinh trưởng", được xem như một con thuyền Noah thứ hai, giúp nhân loại tránh khỏi cảnh diệt vong. Nguồn thức ăn của Ecoban không gì khác ngoài sự ô nhiễm. Những tưởng mọi chuyện sẽ tốt đẹp nhưng chính sự thối nát của chính quyền Ecoban lại sẵn sàng tạo nên một thảm kịch mới.
Câu chuyện về Rune Balot tiếp tục trong movie thứ hai của bộ ba phim Mardock Scramble. Kể từ movie thứ nhất được phát hành năm 2010, movie thứ hai này trở lại và lợi hại hơn với hình ảnh đẹp hơn và tiết lộ nhiều hơn so với phần trước. Bắt đầu là Rune và người đồng hành đáng tin cậy Oeufcoque bị Boiled – nhân vật phản diện – dồn vào chân tường.