Người ngoài hành tinh giao dịch với Trái Đất bằng người máy EXOFRAME. Và hình như liên minh Châu Phi mới nhú đã sử dụng EXOFRAME vào chiến dịch bí mật "Outcast Brigade" (binh đoàn bị ruồng bỏ) nhằm thúc đẩy công nghệ. Hoa Kỳ cử đội đi điều tra và làm a, làm a, làm a.
Togashi Yuuta là cậu học sinh từng mắc chứng "hoang tưởng tuổi dậy thì", tin rằng mình sở hữu sức mạnh siêu nhiên như truyện tranh và phim ảnh. Sớm có hành vi "khác người" từ cấp 2, Yuuta thường xuyên bị bạn bè cùng trang lứa xa lánh. Xấu hổ trước quá khứ của mình, cậu bước vào ngôi trường cấp 3 với quyết tâm "làm lại từ đầu", hi vọng quãng đời cắp sách đến trường sẽ sáng sủa hơn. Tại đây, cậu gặp Takanashi Rikka, một cô bé kì lạ có biểu hiện của chứng hoang tưởng bất ngờ để ý đến cậu.
Kashima Ryuuto là một cậu nam sinh tẻ nhạt, buồn chán. Trong một trò chơi trừng phạt, cậu đã bị buộc phải tỏ tình với Shirakawa Runa, cô nàng nữ sinh nổi tiếng nhất trường.
Trường trung học Nijigasaki nằm ở Odaiba, Tokyo. Trường nổi tiếng bởi phong cách học tự do và các chuyên ngành đa dạng. Câu chuyện xoay quanh các thành viên của câu lạc bộ thần tượng trường học ở Nijigasaki, và nỗ lực của họ để ngăn câu lạc bộ bị giải tán.
Câu chuyện xảy ra sau khi các sự kiện của Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji đã bị giam giữ khi bị nghi ngờ có tham gia vào một tổ chức khủng bố quốc tế, cầm đầu là tên Heath Oslo, đã quản lý để nhập biên giới của Nhật Bản với một vũ khí mới tàn phá hủy diệt hàng loạt trong tay.