Raizel thức tỉnh sau 820 năm ngủ yên. Nhằm để bảo vệ Raizel, Frankenstein đã cho anh nhập học tại một ngôi trường cao trung để Raizel có thể học cuộc sống đơn giản và bình thường của thế giới loài người qua bạn bè.
Là chuyển thể của light novel cùng tên, chuyện kể về Sorata Kanda, 1 nam sinh sống tại Sakurasou – 1 ngôi nhà tập thể dành cho những đứa trẻ lập dị. 1 ngày kia có 1 cô tên Mashiro Shiina chuyển tới sống, cô là 1 họa sĩ xuất sắc nhưng lại rất vụng về và không thể tự chăm lo bản thân. Vì thế Sorata được giao phó công việc quản thúc Mashiro.
Konohoshi Umika, một nữ sinh rất dở giao tiếp với mọi người và có mong ước được gặp người ngoài hành tinh. Và rồi, Umika đã từ bỏ việc kết bạn với người khác. Bỗng một ngày, cô gặp Akeuchi Yuu, một học sinh kì lạ đến trễ trong ngày khai giảng
Mikan bị bỏ lại một mình, tự biên tự diễn trong cái Hội học sinh sắp tàn Mei, nhút nhát khép mình vì quá khứ thời học tiểu học. Manabi hoạt bát, do công việc gia đình nên chuyển trường liên tục. Tính tình hoạt bát, dễ gần nên vừa chuyển đến trường mới đã được làm Hội trưởng hội học sinh ngay lập tức Vị cứu tinh đã xuất hiện như từ trên trời rơi xuống Nhờ tinh thần ấy.
Trong những hoạt động ngầm nguy hiểm của thành phố Academy là linh lực gia cấp 5 Accelerator. Anh có thể tiêu diệt bất cứ ai nhờ năng lực của mình, năng lực này cho phép anh tạo ra một trường mỏng của mục tiêu xung quanh anh và chi phối véc tơ của bất cứ thứ gì anh chạm vào. Suốt cuộc đời của Accelerator, anh luôn là đối tượng bị tấn công, do đó, anh mất niềm tin vào con người và chỉ tin vào sức mạnh.