Đang trong thời gian bị đình chỉ, đặc vụ Neil Stryker bất ngờ nhận nhiệm vụ truy tìm Carl, nhà bác học điên đã thoát khỏi trại tâm thân. Phát minh ra máy du hành thời gian, Carl đang ấp ủ âm mưu thống trị thế giới. Trên đường truy lùng Carl, Neil không hề biết mình đã khiến con trai gặp nguy hiểm và bản thân anh cũng bị theo dõi.
Anh em nhà MacManus sống một cuộc sống yên tĩnh ở Ireland với cha của họ, nhưng khi họ biết rằng linh mục thân yêu của họ đã bị giết bởi lực lượng đám đông, họ quay về lại Boston để mang lại công lý cho những người chịu trách nhiệm và trả thù cho linh mục.
Khi thám tử trẻ tuổi Paul Nerteaux thấy giảm 3 nữ xác chết của người nhập cư bất hợp pháp Thổ Nhĩ Kỳ, ông đã quyết định yêu cầu hỗ trợ bóng tối nghiệm đã nghỉ hưu thám tử Jean-Louis Schiffer để đuổi theo serial killer
Lần này 4 anh em Raphael, Leonardo, Donatello và Michelangelo sẽ đối mặt với kẻ thù mới và cực kì mạnh mẽ là một dị nhân đến từ hành tinh khác với dã tâm xây dựng trạm truyền phát tín hiệu để gửi vị trí đến hạm đội của hắn đang chờ ngoài không gian
Câu chuyện trong phim được tiếp nối sau những sự kiện của The Avengers. Ông trùm công nghiệp thiên tài đầy ngạo mạn Tony Stark phải đối mặt với một kẻ thù mới nguy hiểm ở cả sức mạnh lẫn trí tuệ - The Mandarin. Sau một lời thách thức, thế giới riêng của Tony bị phá hủy nặng nề. Anh quyết tâm tìm bắt kẻ phải chịu trách nhiệm.