Câu chuyện tập trung vào Kimichika Haijima, người gặp rắc rối nghiêm trọng trong đội bóng chuyền của trường cấp hai, và kết quả là cậu được chuyển từ Tokyo đến quận Fukui, nơi anh gặp lại người bạn thời thơ ấu của mình, Yuni Kuroba
Mashiro Moritaka, một học sinh trung học rất nhàm chán với cuộc sống hiện tại và cả tương lai mờ mịt của mình, cậu chỉ duy nhất có tài năng vẽ. Bỗng đến một hôm, một người bạn cùng lớp tên Takagi Akito đã đề nghị cậu cùng hợp tác làm manga, do kinh nghiệm từ người chú của mình vốn cũng từng là một mangaka thất bại nên Mashiro đã rất đắn đo trước đề nghị này. Với sự giúp đỡ của Takagi, cậu đã giúp cho Mashiro tỏ tình với người mà Mashiro thích, Azuki Miho. Và với mong muốn sau này sẽ kết hôn với
Câu lạc bộ koto là nơi chuyên về một loại nhạc cụ dây truyền thống Nhật Bản. Takezou là thành viên cuối cùng của câu lạc bộ ấy và nếu cậu không thể tìm thêm các thành viên khác vào câu lạc bộ này thì nó sẽ bị giải thể. Một ngày nọ, khi Takezou đang ở một mình trong phòng sinh hoạt thì một anh chàng đột ngột xông vào và đòi gia nhập câu lạc bộ.
Phía Tây của Tokyo, nơi được gọi là thành phố học viện vì 80% trong tổng số 2,3 triệu dân ở đây là học sinh. Những học sinh ở đây phải trải qua chương trình học đặc biệt để phát triển sức mạnh tâm linh. Tùy theo năng lực, người ta nhóm các học sinh này thành 6 mức độ, từ mức 0 (không có năng lực) đến mức 5 (siêu năng lực) Kamijou Touma là một học sinh tuy bị xếp mức 0 nhưng lại sở hữu "Imagine Breaker" có thể hóa giải được bất kì loại sức mạnh nào. Ở phần 1, anh đã cứu Index khỏi các ma thuật
Bị coi là kẻ thù của quốc gia, rô-bốt siêu chiến binh chật vật tìm kiếm lý tưởng xứng đáng để đấu tranh tại một xã hội đen tối, nơi chẳng có gì giống như bề ngoài.