Tiếp theo Season 1, Season 2 này sẽ đi sâu vào câu truyện về các Sister. Là những cảm xúc và hành đồng nhất thời của Mikoto Misaka khi cô phát hiện ra kế hoạch Sister. Kế hoạch được vạch ra để đưa Level 5 Accelerator lên Level 6.
While Gunbusters final mission destroyed the space monsters star system, the intergalactic war still continues. Earths only hope lies in the hands of "TOPLESS," an elite mecha group with children possessing supernatural powers and new Buster Machines. Among their ranks is a rookie named Nono and the ace pilot LalC—whom Nono looks at as a "big sister." Together with their teammates Nicholas and Chiko, they must aim for the top and protect all of mankind from the wrath of the space monsters.
I Hate Getting Hurt, So I Put All My Skill Points Into Defense. Câu chuyện tập trung vào nhân vật có tên là Kaede Honjou, cô đã được một người bạn có tên là Risa Shiramine rủ chơi game thực tế ảo MMO cùng. Mặc dù Kaede chả thích game lắm nhưng đằng sau đó là việc cô thực sự, thực sự không thích chịu đau đớn.
Câu chuyện xoanh quanh cậu học sinh tên Naoe Riki. Cha mẹ của Riki qua đời từ khi còn nhỏ, bỏ lại cậu bơ vơ và tủi hờn. Thế rồi cậu được cứu bởi một nhóm trẻ cũng chạc tuổi cậu, gồm 3 con trai và một con gái, gọi là Little Buster. Nhóm trẻ này chuyên chiến đấu chống lại quỷ dữ và thực thi công lý. Trưởng nhóm là Natsume Kyousuke, có cô em gái tên là Rin. Hai thành viên kia là Inohara Masato và Miyazawa Kengo. Họ là bạn, nhưng đồng thời cũng là đối thủ. Họ đã ở bên Riki những khi cậu cần, đưa
Câu chuyện lấy bối cảnh ở một thế giới hỗn loạn sau "Cuộc Chiến Cuối Cùng" của nhân loại. Một khu rừng vĩ đại, đầy rẫy những sinh vật rực rỡ và những con thú hoang dã khác đã bao phủ cả hành tinh