Câu chuyện diễn ra trong một thế giới mà nơi các nàng tiên sở hữu và trú ngụ trong các loài động vật, mang đến cho chúng những khả năng bí ẩn. Bằng cách loại bỏ nội tạng của con vật bị chiếm hữu và cấy chúng vào người, các nàng tiên có thể được triệu tập như một bản ngã đã thay đổi và được sử dụng làm vũ khí. Những nàng tiên trở thành công cụ của chiến tranh được gọi là "Chiến binh cổ tích.
Phòng học trống trải, ngày tháng buồn tẻ. Nó được cho là một kỳ nghỉ hè bình thường như bao kỳ khác. Đột nhiên, ngôi trường bắt đầu trôi qua một chiều không gian khác, và 36 chàng trai và cô gái bị bỏ lại ở đó, thức tỉnh khả năng siêu nhiên của họ. Giữa vòng xoáy của những câu hỏi lần lượt xuất hiện trong đầu, sự sống còn trong một thế giới siêu nhiên bắt đầu.
Lần này, những chiến binh dũng cảm phải chiến đấu với một tổ chức sát thủ bí mật chuyên giết người. Tổ chức này được biết tới với cái tên Dancing Swords (Những thanh gươm nhảy múa) họ tập trung những người có kỹ năng chiến đấu tốt và sức mạnh được thức tỉnh như của Hiyuu và mọi người chỉ có mục tiêu ám sát những kẻ sống ngoài vòng pháp luật. Hiyuu, Aoi, Kyoichi, Sakurai và Daigo bị tấn công bởi những kẻ này và phải chiến đấu chống lại chúng
Đã hai năm trôi qua kể từ cuộc đột kích của CCG trên Anteiku. Mặc dù khí quyển ở Tokyo đã thay đổi mạnh do ảnh hưởng của CCG, ghoul vẫn tiếp tục gây ra vấn đề khi họ bắt đầu thận trọng, đặc biệt là tổ chức khủng bố Aogiri Tree, người thừa nhận mối đe dọa ngày càng tăng của CCG đối với sự tồn tại của họ.
5 năm trước, hầu hết dân làng Ootsuka đã phải chết vì một cơn bệnh dịch. Nhưng thật thần bí, có 3 người đã sống sót: 1 nữ 2 nam. Họ hiện đang sống tại một nhà thờ tách biệt với thế giới bên ngoài nhằm thoát khỏi sự truy sát của kẻ thù. Đặc biệt thay, Shino, một trong 3 người sống sót đã có được quyền năng của Murasame, thanh kiếm linh hồn. Thế nhưng, cuộc sống yên bình của họ đã kết thúc khi mà Tòa Thánh đã rắp tâm muốn chiếm đoạt Murasame