Vào năm 2010 A.D, nhiều siêu bão đồng thời xuất hiện trên toàn thế giới. Chúng gây ra những thiệt hại nghiêm trọng. 5 tỷ người mất, dân số giảm còn 3 tỷ. Nền kinh tế và quân sự đã bị suy sụp. Bắc Mỹ, Nga và Bắc Âu đã bị đóng băng, đồng bằng thì chìm dưới biển. Vị trí địa lý bị thay đổi đáng kể. Văn minh nhân loại bước vào thời kì khủng hoảng
Trong phim, nhân vật chính là Ash Ketchum VK cùng những người bạn của cậu như: Brock, Misty, Tracey, May, Max và Dawn. Và dĩ nhiên, không thể thiếu chú Pokémon điện nhỏ màu vàng Pikachu. Ash vượt qua 5 vùng đất trong vương quốc Pokémon (Kanto, Orange, Johto, Hoenn và Sinnoh) để giành được danh hiệu nhà huấn luyện Pokémon vô địch (Pokémon Master). Cứ mỗi cuộc hành trình vào các vùng đất, cậu lại làm quen với những người bạn mới và thu phục các Pokémon mới.
Từ rất xa xưa, có một vị kiếm khách chính nghĩa được gọi là dũng sĩ đã trải qua bao cuộc chiến đấu với ma vương để giải thoát con người khỏi những đau khổ. Vị dũng sĩ và những người bạn sau khi cùng nhau liên kết sức mạnh, vượt qua rất nhiều trận đấu cam go. Cuối cùng ma vương cũng đã bị đánh bại
Iwatani Naofumi bị triệu hồi vào thế giới song song cùng với 3 thằng đực rựa khác. Mỗi đứa đều được trang bị 4 thanh Huyền Khí khi được triệu hồi, Naofumi được nhận Huyền Thuẫn
Một trò chơi thẻ bài mới kết nối các vũ trụ song song và những thẻ bài đặc biệt đóng vai trò như các cánh cổng đưa quái thú tới Trái Đất để chúng trờ thành chiến hữu với con người. Cùng chiến hữu là quái thú rồng Drum Bumker, cậu bé Gao Mikado vượt qua rất nhiều thử thách chiến đấu và đối đầu với các thế lực xấu xa