Riku Tachibana, một cậu bé sống cùng ông nội từ nhỏ. Hàng ngày, ông nội cậu thường có những cử chỉ bằng cánh tay rất lạ lùng. Một ngày nọ Riku nhận ra rằng đó là những chiêu thức mà ông đã âm thầm chỉ dạy cho cậu. Điều này làm thay đổi cuộc sống của cậu và mọi rắc rối bắt đầu.
Sau sự sụp đổ của tổ chức Museum, tuy việc sản xuất và phân phối Gaia Memory, thiết bị cho người sử dụng khả năng biến thành quái vật với sức mạnh to lớn, đã bị ngưng lại. Dù thế nhưng các Gaia Memory còn sót lại vẫn được bán tại chợ đen và tiếp tục gây ra những hiện tượng kì lạ cho thành phố Fuuto.
Nhân vật chính Staz là một vampire trùm sò ở vương quốc ma quỷ, anh có niềm đam mê với văn hóa Nhật Bản còn lớn hơn cả nhu cầu uống máu người. Tới một ngày, một cô gái người Nhật tên Yanagi Fuyumi vô tình lạc vào thế giới quỷ và khơi dậy hứng thú của Staz, nhưng cô bất ngờ bị giết và trở thành hồn ma lang thang. Để có cơ hội đến thế giới con người, Staz thề sẽ giúp Fuyumi sống lại.
Ác quỷ Neuro luôn luôn thèm khát được ăn những bí ẩn. Ở địa ngục không thể nào thỏa mãn được cơn đói đó nên Neuro đã lên thế giới loài người nhằm tìm kiếm những bí ẩn.
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.