diễn ra tại London, trong quán cafe Forbidden. Đây là một quán cafe kì bí chỉ mở cửa vào ban đêm. Nhân vật chính của chúng ta là một cô bé đến London du học. Cô gặp gỡ những anh chàng đẹp trai làm việc nơi này. Forbidden chính là nơi giao nhau giữa thế giới loài người và thế giới bóng tối.
Khi còn là một cô bé, Kotoko đã bị youkai bắt cóc. Những youkai này đã biến cô thành kẻ trung gian mạnh mẽ giữa hai thế giới, nhân – yêu. Nhưng sức mạnh nào thì cũng phải trả cái giá đắt cho nó, một con mắt và một cái chân chính là cái giá mà Kotoko phải trả
Hai cô gái đang được huấn luyện để trở thành Miko tại đền Tema : Matoi Sumeragi và Yuma Kusanagi. Matoi Sumeragi sống với ông bà từ khi cô còn nhỏ , đến năm thứ hai của trường trung học cơ sở khi cuối cùng cô cũng đã có thể sống với cha mình. Matoi khao khát được sống một cuộc sống đơn giản
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.
26 năm trước, ở một phòng học năm ba của một trường trung học, có tồn tại một học sinh mang tên Misaki. Với tư cách là một học sinh danh dự, vừa giỏi thể thao lại rất xinh xắn nên rất được bạn bè trong lớp mến mộ. Thế rồi sau cái chết bất ngờ của cô gái xấu số, bạn bè trong lớp quyết định cứ vờ như thể cô ấy vẫn còn hiện diện trong lớp cho đến tận lễ tốt nghiệp. Vào mùa xuân năm 1998, có một cậu bé tên là Sakakibara Kouichi được chuyển qua học đúng phòng học đó, cậu bé bắt đầu cảm thấy nghi ngờ