Hai cô gái đang được huấn luyện để trở thành Miko tại đền Tema : Matoi Sumeragi và Yuma Kusanagi. Matoi Sumeragi sống với ông bà từ khi cô còn nhỏ , đến năm thứ hai của trường trung học cơ sở khi cuối cùng cô cũng đã có thể sống với cha mình. Matoi khao khát được sống một cuộc sống đơn giản
Vào thời xa xưa, có một truyền thuyết về những con quỷ ăn thịt người luôn lãng vãng trong cánh rừng sâu. Vì điều này, người dân trong làng không bao giờ đi ra ngoài vào trời tối. Truyền thuyến cũng kể rằng có một Sát Quỷ Nhân luôn xuất hiện vào ban đêm để tiêu diệt những con quỷ khát máu này.
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.
Nhân vật chính của câu truyện là Satsuki Kakeru, người có vẻ bề ngoài rất lạnh lùng do luôn đeo miếng bịt mắt ở con mắt bên phải. Chị gái của Kakeru mất do tự sát và để cậu lại một mình trên cõi đời. Kể từ đó cậu sống một cuộc sống buồn chán. Một ngày nọ, cậu bị đưa vào 1 thế giới ghê tởm tên "Red Night" (đêm đỏ) cùng với người bạn gái của mình là Minase Yuka. Để có thể sống sót và thoát khỏi Đêm Đỏ, cậu chiến đấu chống lại các Dark Spirits (Ralva) và 6 Black Knights cùng với những người bạn bị
Sotara là một giáo viên dạy mỹ thuật ở một trường cấp 3 bình thường và được nữ sinh mến mộ. Thế nhưng........dưới cái bộ mặt đạo đức giả ấy, Sotara thật ra là Tí đạo chích (Mouse the Thief) cực kì nổi tiếng. Đạ mấu cờ hó nào mong chờ cảnh hen như trong truyện thì không có đâu nha