Sau khi Wataru giải phóng toàn bộ 7 tầng núi thì cuộc sống đã trở lại yên bình. Nào ngờ thế lực hắc ám lại tiếp tục quay tay khiến cuộc sống bị đảo lộn. Một lần nữa, Wataru lại phải lên đường để chống lại thế lực hắc ám.
Sử dụng Pokémon Ngân hàng, bạn sẽ có thể chuyển Pokémon bạn đã bắt gặp trong Nintendo 3DS phiên bản Virtual Console của Pokémon Red, Pokémon Blue, và Pokémon Yellow thành bản sao của Pokémon Sun hay Pokémon Moon. Pokémon Pokémon Omega Ruby, Pokémon Alpha Sapphire, Pokémon X và Pokémon Y cũng có thể được đưa vào Pokémon Sun và Pokémon Mặt trăng trong cùng một cách.
Truyện kể về nhân vật Tsukumo Yuma là thần bài trong tương lai, kế thừa sự nghiệp của 3 đàn anh đi trước như Muto Yugi; Yuki Judai; Fudo Yusei. Yuma là 1 cậu bé vụng về, hậu đậu nhưng có 1 ý chí khiến mọi fan xem yu-gi đêề khăm phục đó là luôn muốn “Chinh phục được bầu trời cao”. Trước sự thử thách vô cùng lớn đó Yuma cùng với 1 người bạn của anh là Astral ( Người có liên quan đến những lá bài Numbers) sẽ có đi đến được chân trời xanh không?
vẫn xoay quanh Makoto – thanh niên vô tình được đưa đến một thế giới song song. Makoto được định sẽ trở thành anh hùng, nhưng vì ngoại hình của cậu quá xấu so với tiêu chuẩn thẩm mỹ của các vị thần nên đã bị đày đi nơi khác.
Saintia Shou diễn ra xen kẽ với bản gốc chính truyện. Mạch truyện bắt đầu trong khi Thánh Địa đang bị thao túng bởi Gemini Saga, lúc này đang mạo danh Giáo Hoàng truy sát Athena. Song song với 5 Đồng Thánh huyền thoại đang chiến đấu chống lại sự vây quét của Thánh Địa, Saori đã huấn luyện thêm một đội cận vệ nữ của riêng mình, các Saintia (Thánh Vệ).