Hiro có thể nhìn thấy Digimon sau khi kích hoạt một "Digivice" mà cha anh đã để lại cho anh. Cùng với Digimon Gammamon, họ điều tra những hiện tượng bất thường xảy ra xung quanh trong cuộc sống hàng ngày của họ, và từ từ bước chân vào thế giới của Digimon.
Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki, và Fuu Hououji là những người lạ mặt mang về số phận khi họ gặp nhau trong một chuyến đi thực tế bình thường đến tháp Tokyo. Cùng với ánh sáng lóe sáng, họ nghe thấy lời kêu gọi của một người phụ nữ bí ẩn cứu Cephiro,
Haruyoshi, người được mệnh danh là một Âm Dương sư mạnh nhất trên thế giới. Sau đó, anh bị bạn bè của mình phản bội và bên bờ vực của cái chết, anh mong muốn được hạnh phúc trong cuộc đời tiếp theo của mình. Ngay lúc đó, anh đã thử một câu thần chú tái sinh bí mật.
Jiyuu Nanohana đã trở lại với cuộc sống bình thường. Tuy nhiên, 1 hôm, trên đường đến trường, Jiyuu lại nhận được miếng che mắt Lovely Eyepatch ngày xưa. Lần này, Jiyuu lại phải tiếp tục cuộc chiến của mình trước những đối thủ mới: 1 là những đối thủ từ môn phái Yagyuu phương Bắc đến từ Siberia, và 2 là 1 nhân vật bí ẩn tự xưng là Jubei Yagyuu Đệ nhị - truyền nhân thực sự của phái Yagyuu Shinkage.
Sau khi thế giới Digimon có được hòa bình nhờ vào sự giúp đỡ của 8 đứa trẻ đến từ thế giới loài người. Nhưng Tứ Linh lúc này vẫn còn bị kẹt trong phong ấn của Dark Master do Apocalymon tạo ra và để có thể được giải thoát