được đặt trong một thế giới song song, diễn ra sau các sự kiện của trò chơi đầu tiên, và phát triển câu chuyện theo sự kiện của ba nhân vật chính - Ryouhei Haizaki, Asuto Inamori, và Yuuma Nosaka.
Một ngày nọ, cô có cuộc gặp gỡ định mệnh với Aoi Amawashi, con gái của chủ một tập đoàn lớn và là một tay chơi golf ưu tú. Cả hai đều là thiên tài, nhưng, họ sống ở những thế giới hoàn toàn khác nhau.
Thời đại Mạc Phủ. Nơi Kinh Đô không còn là Kyoto, mà là Edo. Một câu chuyện xoay quanh cuộc đời và sự nghiệp chiến đấu của các thành viên trực thuộc Tân Đảng-Tân Tuyển Đảng (Shinsengumi). Với chữ “Thành” thêu trên cờ xí, những kiếm sỹ Tân Đảng coi cái chết nhẹ tựa lông hồng, mục tiêu của họ chính là bảo vệ trị an của một thời đại sắp sửa lụi tàn nhường bước cho Minh Trị thời đại.
Câu chuyện bắt đầu với nhân vật chính là Mayumi Doujima, một học sinh trung cấp hay gặp rắc rối ở Học viện Yubiwa. Mayumi đã vô tình gặp gỡ và kết bạn với “Trinh thám xinh trai”, năm chàng trai cực đẹp, quá đẹp nhưng lập dị và được đồn đại là chuyên gia giải quyết các câu chuyện bí ẩn tại trường thông qua một CLB phi lợi nhuận.
Đất nước của những Samurai. Có một thời đất nước chúng tôi được gọi như vậy. 20 năm trước… Những kẻ ngoài hành tinh tự xưng là Amanto đột ngột đổ bộ xuống và thiết lập lệnh cấm mang kiếm. Samurai giờ đây bị khinh rẻ, coi thường. Trong thời đại như thế, vẫn còn một người đầy tinh thần samurai. Tên anh ta là Sakata Gintoki.