Ngay sau khi xuất hiện vụ nổ xảy ra tại vùng vịnh Tokyo, nơi đang diễn ra cuộc họp các quan chức cấp cao. Ở hiện trường vụ án đã thấy bóng dáng của Tooru Amuro, "kẻ 3 mặt" ấy vừa là Zero trong Cục cảnh sát an ninh quốc gia, vừa là thám tử Rei Furuya, đồng thời cũng là Bourbon thuộc tổ chức áo đen.
Nôbita và Xuka cùng đi vào thế giới cổ tích nhưng không may Xuka bị lạc trong thế giới ấy. Biết được cô bé đang ở xứ Ba Tư và câu chuyện về chàng Xinbát (hay Sin-bát) có thể có một phần là sự thật, Đôrêmon, Nôbita, Chaien cùng nhau lên đường đến xứ Ba Tư huyền thoại với hướng dẫn viên du lịch Khò Khò.Ở đó họ gặp vua Harun al-Rashid và mua một chiếc thuyền để để đi tìm Xuka.
Cả nhóm bạn muốn bỏ nhà ra đi vì nhiều lý do. Không tìm được chỗ đi trốn, năm người bạn quay về thời tiền sử, tự lập ra một nơi sống riêng ở thời gian 70 nghìn năm trước. Sự kiện này đã vô tình khai sinh ra đất nước Nhật Bản! Cùng lúc đó, một cậu bé tiền sử lạc qua lỗ đen và đến đúng nơi Nôbita đang sống.
Nobita tình cờ gặp được người ngoài hành tinh tí hon Papi, vốn là Tổng thống của hành tinh Pirika, chạy trốn tới Trái Đất để thoát khỏi những kẻ nổi loạn nơi quê nhà. Doraemon, Nobita và hội bạn thân dùng bảo bối đèn pin thu nhỏ biến đổi theo kích cỡ giống Papi để chơi cùng cậu bé.
Sau khi một thiên thạch rơi xuống Trái đất, các lực lượng phản bội đã (cho tất cả ý định và mục đích) chiếm lấy, và người dân đang phải chịu đựng. Trong hỗn loạn, một cậu bé tên Tetsuro Daiba, người đã mất cha mẹ trong vụ thiên thạch, được Mello, một người phụ nữ bí ẩn xuất hiện dưới ánh sáng rực rỡ.