Sau khi thế giới Digimon có được hòa bình nhờ vào sự giúp đỡ của 8 đứa trẻ đến từ thế giới loài người. Nhưng Tứ Linh lúc này vẫn còn bị kẹt trong phong ấn của Dark Master do Apocalymon tạo ra và để có thể được giải thoát
Đây là câu chuyện hài giả tưởng, xoay quanh hai nhà thám hiểm: kiếm sĩ vô vọng Arvin và một cô yêu tinh hành nghề bác sĩ Karla, người có vẻ có tài năng trong việc cù lét mọi người hơn là chữa bệnh
Các vị thần đã xuất hiện khi nhân loại đang trên bờ vực diệt vong bởi những gì mà lũ quỷ đã làm với Trái Đất. Các vị thần đó được gọi là “Idaten” đã chiến đấu và phong ấn lũ quỷ dữ đó cách đây 800 năm.
Đặt trong bối cảnh tương lai xa trên một hành tinh rất xa Trái Đất. Kato Marika là một học sinh thích lái phi thuyền sống cùng mẹ và không biết gì về bố mình. Một ngày nọ cô bé được hai người thông báo về cái chết của bố và sứ mệnh thay thế bố làm hải tặc không gian trên con tàu của ông.
Câu chuyện diễn ra trong một tương lai không xa. Đột nhiên có 5 "Điểm đen" xuất hiện trên thế giới với vai trò là những cánh cổng dẫn đến thế giới song song. Ngay sau đó, có những sinh vật kì lạ bắt đầu xâm chiếm Trái đất từ những "Điểm đen" đó. Những sinh vật kì lạ này là cư dân của 5 thế giới song song xem phim. Để đảm bảo cho sự sống còn của mình, mỗi cư dẫn ở 5 thế giới đều chiến đấu với nhau để quyết định số phận của họ. Chiếc chìa khóa để quyết định đó chính là thiết bị đấu bài.