Câu chuyện được bắt đầu với giấc mơ về một thế giới phù thủy của Nôbita. Tuy được Đêkhi giải thích rõ ràng nhưng Nôbita vẫn không nguôi mơ mộng về một thế giới phép thuật. Cùng với đó là sự xuất hiện của hai pho tượng đá Nôbita và Đôrêmon một cách bí ẩn.
tập trung vào quá khứ của Ai Haibara và sẽ dựng lại phần Chuyến tàu bí ẩn từ anime truyền hình, nơi Haibara và Conan gặp nhau lần đầu tiên. Bộ phim cũng sẽ bao gồm các cảnh trong phim Kurogane no Submarine ( Tàu ngầm sắt đen ).
Tại Shibuya náo nhiệt mùa Halloween, Thiếu úy Sato Miwako khoác lên mình chiếc váy cưới tinh khôi trong tiệc cưới như cổ tích, và người đàn ông bên cạnh cô không ai khác ngoài Trung sĩ Takagi Wataru.
Bé Ai và những người bạn mới trong Làng Động vật. Ai – một mình di chuyển đến Làng Động Vật. Cô bé kết bạn với những người dân nông thôn khác khi cô có một cuộc sống ổn định trong làng. Một đêm khi cô bé đi dọc theo bãi biển, cô tìm thấy thông điệp trong một cái chai. Thông điệp ấy đặt ra cho cô một nhiệm vụ là gieo trồng những cây thông xung quanh làng để thực hiên một phép lạ vào trước đêm Lễ hội Mùa Đông.
Câu chuyện bắt đầu khi Đôrêmon tạo ra một thế giới ảo: Trái đất thu nhỏ - để giúp Nôbita hoàn thành bài thuyết trình khoa học của mình. Nôbita đã tạo ra một thế giới giống y như thật (có động vật, cây cối, côn trùng). Đến phút chót kế hoạch của Nôbita bị đổ vỡ khi Chaien và Xêkô cùng tham gia bài thuyết trình.