Câu chuyện diễn ra tại học viện tư thục Buou -một học viện lớn án ngự dưới chân núi Phú Sỹ linh thiêng do gia tộc Tokugawa lập nên. Học viên của trường đều là con cháu-họ hàng của các gia tộc samurai và được đào tạo -huấn luyện các kỹ năng chiến đấu và tư tưởng Mạc Phủ để phục vụ cho Đại Nhật Bản sau khi tốt nghiệp .
Khi DArtagnan đến Tokyo để tìm kiếm niềm vui, cô phát hiện một cảnh tượng khó quên: Lucifer đang hát dưới công viên. Từ giây phút đó, dù cô ấy đang ngủ hay thức, trái tim của DArtagnan sẽ không ngừng đập vì một lý do nào đó.
Vào 1863 khi kỷ nguyên samurai rối ren sắp chấm dứt, Nhật Bản bị chia rẽ giữa các phe phái ủng hộ và thống trị phiến quân. Số phận của thế giới bị đe dọa như là một đội quân của các nhà cải cách lịch sử được gửi từ tương lai để thay đổi quá trình lịch sử
Câu chuyện kể về thành phố Ayanagi, một thành phố gần biển Nhật Bản. Nó là một thành phố của tương lai đã được xây dựng để phục hồi từ thảm họa gây ra bởi "hội chứng thờ ơ" mười năm trước. Học sinh trung học Shin Kanzato cùng với em trai của cậu là Jun, theo lời anh trai Ryo , cảnh sát trưởng thành phố Ayanagi, đã đến Ayanagi . Tại thời điểm đó, một loạt các sự cố kỳ lạ xảy ra tại thành phố Ayanagi như thủy thủ đoàn của một chiếc tàu ngầm đột nhiên biến mất trong tàu ngầm của họ, hoặc một triệu
12000 năm trước, cuộc chiến tàn khốc giữa Aquarion và Thiên Thần Bóng Tối đã đi vào truyền thuyết... 12000 năm trôi qua, nhân loại lại phải đối mặt với những Abductor(Kẻ bắt cóc), những kẻ đến từ Chiều Không Gian Khác cũng giống như Thiên Thần Bóng Tối với mục đích là bắt cóc con người