Sống trong khu nhà ninja nằm ở góc thành phố tương lai, Rikka, trưởng nữ của một gia tộc Ninja, cha cô thì là một nhà nghiên cứu. Tiếp tục với cuộc sống quá đỗi hằng ngày và bình thường thì một hôm, căn nhà của Rikka đã đột nhiên bị tấn công. Bị dồn vào một góc, cô sẽ làm gì để vượt qua cuộc khủng hoảng này? Xé tan bóng tối thành từng mảnh và trở thành "BLACK"?
Năm 2027, thành phố New Port vẫn đang hồi phục từ hậu quả của chiến tranh. Một sĩ quan quân đội có dính đến việc ăn hối lộ và buôn bán vũ khí bất hợp pháp bị giết. Trong quá trình điều tra, Daisuke Aramaki của Cục An ninh Quốc gia gặp Motoko Kusanagi, một hacker nửa người nửa máy cao cấp thuộc đơn vị bí mật số 501. Batou, người đàn ông với "con mắt không ngủ", nghi ngờ Kusanagi là kẻ đứng sau vụ đánh bom. Thanh tra cảnh sát Togusa đang theo đuổi cùng lúc 2 vụ án một người bị bắn chết và một cô
Cuộc chiến chống khủng bố đã bùng nổ, theo đúng nghĩa đen vào cái ngày mà Sarajevo bị thổi bay bởi thiết bị hạt nhân tự chế. Các nền dân chủ hàng đầu chuyển sang trạng thái tổng giám sát và những nước đang phát triển thì chìm sâu dưới làn sóng diệt chủng.
The Second is dead and the Gasai Yuno in the third world finally gets to live a happy life with her loving parents and friends from school. But there is still an empty place in her heart — it seems she has forgotten a person really close to her but simply cannot regain her memories.
Là một OVA ngắn sản xuất năm 2005, một phần trong bộ Compilation of Final Fantasy VII, kể về quãng thời gian trước các sự kiện trong game Final Fantasy VII, bao gồm cuộc trốn chạy của Zack và Cloud, sự kiện kinh hoàng ở Nibelheim