Sau thất bại ở phần 1, Skynet bằng gửi thêm một robot khác, mạnh mẽ hơn để tiêu diệt Sarah Connor và đứa con của bà, John Connor. Tuy nhiên, lần này hai mẹ con được bảo vệ bởi chính Kẻ Hủy Diệt trong phần 1, được phe kháng chiến sửa chữa và gửi về từ tương lai.
Một đơn vị quân đội ưu tú (SG-1) phải chạy trốn về Trái Đất trong khi hai thành viên trong số họ đột nhiên biến mất mà ko giải thích được . Nhưng họ trở về thế giới qua “cổng trời”-một cổ máy cổ xưa cho phép họ đi đến hàng trăm hành tinh – chưa bao giờ được khám phá và tiểu sử riêng của họ đã bị xóa bỏ. Giờ đây họ phải thuyết phục chính quyền và quân đội là thời biểu đã bị thay đổi bởi một thế lực ngoài hành tinh (Baal) để xâm chiếm trái đất và thời gian không đứng về phía họ.
Trong thị trấn Lâm Gia, vào thời kỳ Dân Quốc, một biến cố đáng kỳ quái xảy ra. Hàng loạt người dân đột ngột biến mất một cách bí ẩn, như bị một thế lực hắc ám điều khiển tâm trí, biến họ thành những hình bóng lang thang giữa sống và chết.
Để xổng ba con thú ma thuật nguy hiểm, công chúa Camellia xứ Poka Poka phải đến thế giới loài người truy bắt chúng. Tại đây, sau khi gặp các nữ chiến binh Ma tiên Balala cũng đang ẩn mình tại Trái Đất, cô đã cùng họ thu phục ma thú và chống lại một âm mưu đoạt quyền tại quê nhà.
Senn và Mala, hai thiếu niên nổi loạn trên hành tinh thơ mộng Terra, nơi cuộc sống hoà bình và khoan dung, không chấp nhận chiến tranh và vũ khí hủy diệt hàng loạt. Nhưng khi Terra bị những người trái đất trốn cuộc nội chiến và thảm họa môi trường đến ẩn náu thì lập tức hành tinh rơi vào hỗn loạn.