Thất đại ác nhân”, một nhóm chiến binh có tham vọng lật đổ vương quốc Britannia, được cho là đã bị tiêu diệt bởi các “hiệp sĩ thánh chiến” mặc dù vẫn còn 1 số người cho rằng họ vẫn còn sống. 10 năm sau, Các hiệp sĩ thánh chiến đã làm 1 cuộc đảo chính và khống chế đức vua, họ trở thành người cai trị độc tài mới của vương quốc.
Tại Hokkaido, vùng đất phương Bắc của Nhật, Sugimoto đã sống sót qua chiến tranh Nga-Nhật thời Meiji. Được mệnh danh là "Sugimoto Bất Khả Chiến Bại" trong thời chiến, anh giờ tìm kiếm sự giàu để có thể cứu được người vợ của bằng hữu trong chiến tranh-người giờ đã chết.
Thời Đại Thần Thánh đã đến hồi kết thúc. Sự bất tử cũng sẽ không còn.Cõi Thiên Đàng rung chuyển khi đội quân của Falis, Thần Ánh Sáng...... Chạm trán với quân của Falaris, Thần Bóng Tối.Trong trận chiến không ngừng nghỉ sau đó,Trái Đất bật khóc...Biển cả sôi sục...Cuối cùng, chỉ có hai người sống sót của mỗi bên
Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Vùng đất do những con thú khổng lồ tạo ra đã bị con người đánh cắp. Quá tức giận, những con thú bắt đầu ăn thịt con người, con người đã kêu gọi các vị thần chiến đấu với những con thú. Trong thời đại của kiếm, anh hùng và thần thoại, những con thú khổng lồ bị con người săn lùng để lấy lợi lộc.