Tiếp nối chuỗi sự kiện trong quá khứ, Jin và các đồng đội đều mất trí nhớ. Thức dậy sau một giấc mơ kỳ lạ, con quay của Jin tiến hóa thành một con quay NADO quyền năng. Sau đó cậu tìm lại được ba người bạn của minh, lúc này cũng đang nắm giữ trong tay những con quay NADO hùng mạnh.
Tatsumi là một chiến binh nhỏ tuổi (chắc thế), vì muốn cứu ngôi làng của mình mà cậu cùng 2 người bạn đã dứt áo ra đi lên thủ đô, một nơi vốn đã tha hóa và trở thành địa ngục trần gian. Và xui xẻo thay, cậu vừa đến được thủ đô thì bị lừa mất sạch tiền bạc bởi một cô gái, thế nhưng cậu lại được một cô gái xinh đẹp khác giúp đỡ trong lúc gặp khó khăn.
Trong năm 2059, trái đất đã bị người ngoài hành tinh xâm nhập trong nhiều năm. Trong một nỗ lực để tìm hiểu thêm về những người ngoài hành tinh này, Tiến sĩ Noguchi và các trợ lý Maki Agata và Takuto Kaneshiro cố gắng hồi sinh một người ngoài hành tinh cơ học lớn tên là Frank.
Pokémon được hãng Nintendo cho ra đời vào năm 1996 nhằm phục vụ cho trò chơi xách tay phổ biến nhất của họ: Game Boy. Và được phát hành lần đầu tiên ở Nhật Bản. Cái tên đầu tiên được đặt ra cho Pokémon là “Poketto Monstaa” là phát âm tiếng nhật của “Pocket Monster – quái vật bỏ túi” và sớm được người Nhật Bản rút ngắn lại thành “Pokémon”. Một nhà thiết kế game người Nhật là Satoshi Tajiri đã nảy ra ý tưởng và làm nền móng cho Pokémon nhờ những ký ức thời xa xưa của ông khi còn nhỏ vẫn hay tìm
Jiyuu Nanohana đã trở lại với cuộc sống bình thường. Tuy nhiên, 1 hôm, trên đường đến trường, Jiyuu lại nhận được miếng che mắt Lovely Eyepatch ngày xưa. Lần này, Jiyuu lại phải tiếp tục cuộc chiến của mình trước những đối thủ mới: 1 là những đối thủ từ môn phái Yagyuu phương Bắc đến từ Siberia, và 2 là 1 nhân vật bí ẩn tự xưng là Jubei Yagyuu Đệ nhị - truyền nhân thực sự của phái Yagyuu Shinkage.