Câu chuyện bắt đầu khi nhân vật chính Hikaru gặp người ngoài hành tinh Lala, Prunce và Fuwa khi ngắm bầu trời đêm. Cô biết đến Cung điện ngôi sao, nơi Công chúa 12 ngôi sao của các chòm sao giữ được sự cân bằng của vũ trụ cho đến khi họ bị tấn công. Lala đang tìm kiếm các chiến binh Precure huyền thoại để giúp tìm ra 12 Bút màu sao công chúa rải rác và hồi sinh các công chúa.
Tiếp tục sau khi cô nàng Sakura Trees trở lại. Dựa trên một phần tiếp theo của trò chơi PS2 DaCapo gốc, câu chuyện một lần nữa sẽ diễn ra vào Hatsunejima, nhưng được thiết lập 53 năm sau khi các sự kiện của DC và DCSS. Mặc dù một số ký tự có thể sẽ xem xét một chút quen thuộc để mắt khởi xướng, dàn diễn viên là một cái mới.
Hyuuga Saki và Mishou Mai đã gặp nhau ở khu rừng sau khi họ đuổi theo những ánh sáng kỳ lạ. 5 năm sau họ đã đoàn tựu dưới Sky Tree, nơi họ gặp Flappy và Choppy, hai tinh linh của Land of Fountains; họ bị truy đuổi bởi Akudaikaan, kẻ cai trị Dark Fall, kẻ đang chiếm lấy những đài phun nước đang duy trì sự sống củag World Tree. They give Saki và Mai đã biến hình thành Pretty Cure, để họ có thể chiến đấu với những thuộc hạ của Akudaikaan và phục hồi những suối nguồn.
Hadzuki, một nữ sinh trung học. Cô sống chung với bạn cùng lớp và cũng là người cô phải lòng - Hatsumi. Bi kịch xảy ra vào ngày sinh nhật thứ 16 của Hatsumi, khi cô biến mất trong một vầng sáng xanh trước mắt Hatsuki( khi em này đang chuẩn bị lấy đi sự trong trắng của Hatsumi). Hadzuki đã lên đường tìm kiếm người yêu với sự giúp đỡ của một cô phù thủy loli... còn tiếp theo thì đợi download đã.
Arata, một cậu bé vốn đã mất niềm tin vào người khác bị lạc vào một thế giới kì lạ và bị ghép vào tội ám sát công chúa. Cậu bất ngờ dùng được Hayagami - một loại vũ khí của thần, từ đó cậu bắt đầu một cuộc chiến chống lại 12 Shinsho để phục thù cho công chúa và cứu thế giới khỏi loạn lạc.