Câu chuyện diễn ra trên 1 hòn đảo nhỏ Regalo, tại đây hòn đảo được bảo vệ bởi 1 nhóm người có tên Arcana Famiglia, gồm các thành viên có năng lực siêu nhiên. Vào ngày kia có 1 cô gái 16 tuổi tên là Felicita đến gặp cha cô, là người đứng đầu Arcana Famiglia. Cô được cha cho gia nhập vào nhóm “Serie of Sword”, và cô được gặp gỡ với những thành viên đẹp trai khác
Gon – từ nhỏ đến lớn chưa bao giờ được gặp mặt cha – tham gia vào cuộc thi lấy chứng chỉ Hunter, một cuộc thi rất khắc nghiệt nhằm chọn ra những thành viên ưu tú cho đội ngũ “Hunters”. Cha của Gon là một Hunter huyền thoại và cậu ấy muốn tìm ra cha mình nên đã chọn con đường theo nghiệp Hunter. Gon gặp Killua trong vòng kiểm tra đầu tiên. Killua đến từ một dòng họ nổi tiếng trong việc hành nghề ám sát: ZhaoldYeck. Killua đã được huấn luyện từ nhỏ để trở thành sát thủ, và cậu ấy có tài năng
Yuzuka Hanami có một cuộc sống bình thường như bao nhiêu người khác,vẫn sống và học tập ở một trường trung học.Số phận cô bỗng chốc thay đổi kể từ khi cô được tiếp cận với một sinh vật bí ẩn từ đâu xuất hiện trước mặt cô,chính sinh vật này đã tiết lộ cho cô biết thân phận thật sự của mình.
Nối tiếp Ss1, lần này Illya và Miyu có nhiệm vụ phải bình thường hóa "Sự rung động của Trái đất". Nhưng mệt mỏi thay khi xuất hiện trước mắt hai người lại là một Illya khác!?
Mùa thứ 2 của anime Magia Record: Mahou Shoujo Madoka☆Magica Gaiden (TV). 2nd Season of Magia Record: Mahou Shoujo Madoka☆Magica Gaiden (TV).