In the year Regild Century 1014, an entire millennium has passed since the end of the fabled Universal Century, where legends like Amuro Ray and Char Aznable ruled the battlefield as ace mobile suit pilots. The Earths surface that was once hotly contested is now mostly abandoned, with humanity preferring to live in space colonies and the surface of the moon.
Hai năm sau ngày diễn ra sự cố, Aiko Tachibana – 15 tuổi – người đã mất gia đình trong sự kiện “Burst” đã khám phá được những điều bí ẩn từ bạn học cùng lớp mới của cô Yuya Kanzaki. Bí ẩn đó nằm sâu trong thể cô và để giải quyết được vấn đề của cô cần phải thâm nhập vào “Lõi Chính” – trung tâm của Burst.
Rin, một cô gái năng động và thích ăn uống, sống ở một ngôi làng xa xôi.Và sâu trong cung điện hoàng gia trong thành phố thủ đô, cô ca sĩ Finis dành cả ngày trong cô độc. Hai người đều có khả năng đặc biệt mà không ai khác có.
7 triệu năm lịch sử của loài người đang đứng trước thời khắc kết thúc dưới bàn tay của thần thánh. Để ngăn cản điều này, Valkyrie quyết định đề xuất cho loài người một cơ hội chống lại quyết định của thần thánh. Một cuộc chiến giữa 13 con người mạnh nhất và 13 vị thần mạnh nhất mang tên Ragnarok để giành lấy quyền tồn vong của nhân loại.
Bối cảnh chuyện đặt trong những năm 2013. Được nuôi dạy như người thuộc tầng lớp ưu tú nhất từ năm 2 tuổi, 1 cậu bé tên Shion sống trong 1 khu vực đặc biệt được gọi là No.6. Trong đêm sinh nhật thứ 12 của mình, cậu cứu được 1 cậu bé tự xưng là “Nezumi”(Chuột). Nezumi đang tìm cách trốn thoát khỏi Khu Vực An Ninh Đặc Biệt (Special Security Area) của thành phố. Kể từ giây phút đó, cuộc đời của Shion đã thay đổi mãi mãi…