3 tháng sau khi Raimon đoạt chức vô địch Holy Road, Tenma trở về trường, và cậu ta đã phải đối mặt với nguy cơ một thế giới không bóng đá, để lấy lại lịch sử và đem bóng đá trở về, Tenma đã phải dấn thân vào một cuộc du hành xuyên thời gian và không gian cùng những người bạn mới và những trận đấu cực kỳ bá đạo.
Seth là một phù thủy đầy tham vọng từ khu vực Pompo Hills. Giống như tất cả các pháp sư, ông là một bị nhiễm, một trong số ít những sinh vật sống sót sau sự tiếp xúc của Nemesis - những sinh vật rơi xuống từ bầu trời làm ô nhiễm và phân hủy tất cả những người mà họ chạm vào.
Câu chuyện lấy bối cảnh tại Đặc khu Akatsuki, một khu vô luật pháp ở Tokyo. "Helios" là những người sử dụng khả năng hình xăm để bảo vệ thành phố, "Artemis" cam kết duy trì an ninh và kiểm soát, đồng thời có động cơ thương mại mạnh mẽ, và "Công an đặc biệt" là Scard Staff của cảnh sát đô thị. Phòng ban. Họ sống qua những ngày sóng gió để tiếp tục đi tiếp.
Trong phần này các tế bào phải làm việc trong một cơ thể có sức khỏe cực kì tồi tệ, hậu quả của việc uống bia rượu, hút thuốc, nạp nhiều cholesterol và bị căng thẳng nặng. Các tế bào trong môi trường cơ thể này cũng chịu vất vả hơn. và giới tính của hồng cầu bạch cầu tráo đổi cho nhau so với bản gốc
Giải đấu bóng đá trẻ toàn thế giới, Football Frontier International Version (FFIV2) được tổ chức, và Inazuma Japan đã được thành lập. Tuy nhiên, các đại diện của Nhật Bản là các cầu thủ tuyển chọn chưa được thấy thi đấu bao giờ, và đây là "đội tuyển sẽ đại diện Nhật Bản" thi đấu với các đội tuyển thế giới!?