Phần 2 sẽ tiếp nối phần đầu tiên đã khép lại sau 8 tập phát sóng, trong phân cảnh cuối cùng, người phụ nữ bí ẩn tên Mira cũng đã nói rằng trò chơi chỉ mới bắt đầu và họ sẽ gặp lại nhau trong giai đoạn tiếp theo của trò chơi.
Khao khát gây dựng tiếng tăm ở Vienna vào thế kỷ 19, Sigmund Freud trẻ tuổi đã cùng một bà đồng và một thanh tra làm sáng tỏ hàng loạt bí ẩn đẫm máu.
Thống đốc Hawaii cho anh cơ hội để lập nên một lực lượng đặc nhiệm mới. Thám tử Steve McGarrett tập hợp đội ngũ của mình, bắt đầu với Chin Ho Kelly, cựu thám tử Honolulu Thám và là người từng được cha của McGarrett bảo trợ. Kelly đã bị điều sang đội tuần tra an ninh liên bang sau khi bị nghi ngờ tham nhũng. Thám tử Danny "Danno" Williams, cựu cảnh sát New Jersey, người vừa mới chuyển đến đảo và đang nuôi con gái 8 tuổi. Kono Kalakaua, em họ của Kelly một học viên vừa tốt nghiệp học viện.
Phần 2 tiếp tục hành trình khám phá vũ trụ. Phần này sẽ mang lại câu chuyện bí ẩn nhất chưa bao giờ được giải đáp, đó là nguồn gốc của không gian, thời gian. Tìm hiểu về sự hình thành các hành tinh, núi lửa, sự sống, thiên thạch, lốc, bão tuyết trong vũ trụ.
Phần 5 gồm 17 tập bắt đầu từ 21/01/2009 ở Mỹ và Canada . Sau những nỗ lực cứu hòn đảo khỏi những kẻ xâm lược ở phần 4 . Một số người bị quay về quá khứ năm 1973 , Để bảo vệ mình bọn họ phải hòa nhập với cuộc sống ở đây . Trong khi đó những người quay về đất liền cũng đã quay lại hòn đảo và bị chia làm 2 nhóm , 1 ở năm 2007, 1 ở năm 1973