Jin quyết định dùng một khúc của cây thần đã bị đốn để làm một bức tượng cho triển lãm toàn trường, và trong lúc mang nó ra ngoài, bức tượng liền bám chặt mặt đất, và từ đó hóa thành một cô gái rất dễ thương. Cô ta tên Nagi, một linh hồn Shinto (神道 - Chi tiết xem tại đây), vị thần bảo hộ của vùng đó.
Trong những ngày đầu của thế kỉ 21, một cuộc chiến tranh công nghệ đã xảy ra. Trái đất gần như bị phá hủy, và con người phải tới sống tại một hành tinh khác là Calendar 00.
Ở một lịch sử khác nơi có rất ít nam nhân, những người đủ tiêu chuẩn được tuyển vào làm thê thiếp của nữ tướng quân trong hậu cung.
Bộ phim Nogizaka Haruka no Himitsu xoay quanh đôi bạn Yuuto Ayase và Haruka Nogizaka Yuuto là một chàng trai bình thường, đặc biệt không thích con gái vì bị sensei và chị của mình hành hạ. Còn Haruka là một cô gái xinh đẹp, thông minh và giàu có. Điều đó khiến cho các học sinh khác thần tượng hoá cô ta. Thậm chí họ còn đặt cho cô ta những cái tên tiếng Pháp như là “Nuit Étoile” (Ánh sao bạc trong đêm) và “Lumiere du Clavier” (Nàng công chúa toả sáng bên dương cầm). Câu chuyện bắt đầu khi Yuuto
Sawatari Izumi 14 tuổi cùng người em gái, Mitsuki 13 tuổi đã dắt nhau bỏ nhà ra đi. Lang thang khắp nơi để kiếm việc làm nhưng đều thất bại. Tình cờ họ đi ngang qua một biệt thự, thấy tấm poster tuyển hầu gái.