Thành Vatican - Đất Thánh của người Công giáo. Nơi đấy có một tổ chức tiến hành các cuộc điều tra nghiêm ngặt về "Những Điều kì bí về phép lạ" khắp nơi trên thế giới đều xác nhận là có thật.
Lấy bối cảnh lịch sử thay thế Nhật Bản vào năm 1931 và năm thứ 64 của thời Minh Trị, Mạc phủ Tokugawa không bao giờ bị bãi bỏ và Thiên hoàng Minh Trị không bao giờ được phục hồi quyền lực. Anime sẽ tiếp nối các hoạt động của “Nue”, một tổ chức của các đao phủ Mạc phủ thực thi chính phủ
Nhân viên cửa hàng sách nhút nhát Kosuke Mikado có khả năng nhìn thấy ma và linh hồn, một khả năng mà anh ta ước gì anh ta không có, vì những gì anh ta nhìn thấy thường khiến anh ta kinh hãi. Rihito Hiyakawa, một nhà trừ tà có sức mạnh siêu nhiên cũng như sức mạnh xã hội của anh ta yếu đi, dường như không sợ bất cứ điều gì, dù là sinh tử hay khác
Câu chuyện tập trung vào nhân vật chính 16 tuổi sau khi được chuyển đến Trung học Shujin ở Tokyo. Ở lại với bạn bè của cha mẹ mình, anh gặp hai bạn học,và biến hình sinh vật giống như con mèo được gọi là Morgana.
Mushishi là một anime của Nhật kể về cuộc hành trình theo dấu chân Ginko, một Mushishi, đi ngao du từ nơi này đến nơi khác để tìm hiểu, nghiên cứu và giúp đỡ những người gặp vấn đề với Mushi (hay còn gọi là "trùng”, một dạng sống khởi nguyên, những sinh vật xa lạ, không hề giống với bất kì loài động thực vật nào, có loài có hại, có loài vô hại và cũng có loài cực kì nguy hiểm).