Tiếp theo SS 1, câu chuyện xoay quanh cuộc đời của Tomoya và Nagisa sau khi 2 người tốt nghiệp THPT. Từ lúc Tomoya bày tỏ tình cảm của mình với Nagisa, 2 người càng lúc càng gắn bó khăng khít hơn với nhau (Có kết hôn, có "make love", có baby ). NHƯNG có một sự kiện bất ngờ đã xảy đến với họ, khiến cuộc đời 2 người thay đổi vĩnh viễn
Lấy bối cảnh lịch sử thay thế Nhật Bản vào năm 1931 và năm thứ 64 của thời Minh Trị, Mạc phủ Tokugawa không bao giờ bị bãi bỏ và Thiên hoàng Minh Trị không bao giờ được phục hồi quyền lực. Anime sẽ tiếp nối các hoạt động của “Nue”, một tổ chức của các đao phủ Mạc phủ thực thi chính phủ
Nhân vật chính của câu truyện là Satsuki Kakeru, người có vẻ bề ngoài rất lạnh lùng do luôn đeo miếng bịt mắt ở con mắt bên phải. Chị gái của Kakeru mất do tự sát và để cậu lại một mình trên cõi đời. Kể từ đó cậu sống một cuộc sống buồn chán. Một ngày nọ, cậu bị đưa vào 1 thế giới ghê tởm tên "Red Night" (đêm đỏ) cùng với người bạn gái của mình là Minase Yuka. Để có thể sống sót và thoát khỏi Đêm Đỏ, cậu chiến đấu chống lại các Dark Spirits (Ralva) và 6 Black Knights cùng với những người bạn bị
Chuyện xảy ra vào một đêm tình cờ khi Sumire vô tình nhặt được khoen cài áo của Lucia. Do bất cẩn Sumire bị đinh khoen đâm vào tay.. Cũng từ đó mà thị lực Sumire bắt đầu trở nên đặc biệt, cô có thể nhìn thấy những thứ mà người bình thường không thể thấy được, hơn nữa trong Sumire còn tồn tại một sức mạnh tiềm ẩn vô cùng ghê gớm
Khi nam sinh Sora Kashiwagi nhận ra mình đang nhìn chằm chằm một gói hàng quá cỡ được gửi đến cậu ấy từ người cha là "nhà thám hiểm", điều cuối cùng cậu mong đợi là một xác ướp nhỏ đến độ có thể cầm trong tay.