Hiệp hội bí ẩn Kisaragi. Hiện tại Hiệp hội Kisaragi được toàn Trái Đất biết tới là công ty lớn nhất, nhưng họ lại tự xưng là một tổ chức tà ác và nhúng tay vào các hoạt động gian tà, đánh bại các Anh hùng rồi chiếm lấy thế giới
Thế giới tồn tại hai thế giới song song. Một là thế giới con người, Assiah. Một là thế giới ác quỷ, Gehenna. Hai thế giới cơ bản không thể thông với nhau. Tuy nhiên, loài quỷ có thể tới Assiah bằng cách chiếm hữu thể xác con người. Nhưng không có thể xác nào có thể chứa được chúa tể ác quỷ, Satan. Rin Okumura, con trai của cha Satan và mẹ là con người, được tạo ra nhằm mục đích giúp Satan tồn tại ở Assiah.
Sumireko Ogawa là một nhân viên bán sách ngực khủng muốn trở thành một tiểu thuyết gia sau khi thành công trong việc viết lách khi còn trẻ.
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.
Một ngày nọ, cậu học sinh cao trung mê game, cuồng kẹo Shiroyanagi Akira bị kéo vào một trận chiến bởi một cô gái bí ẩn tự xưng là Mion. Những người tham gia được thông báo rằng họ đã "bị xóa tên khỏi hộ khẩu gia đình, tham gia vào một thí nghiệm và được ban sức mạnh đặc biệt.