Sau khi 12 Vị Thánh Vàng hy sinh mạng sống của mình để phá hủy Bức tường than khóc, Các vị thần Đồng bước vào cõi sâu nhất của Địa ngục, Elysion, nơi họ đối mặt với hai người đầy quyền năng nhất của Hades: Hai vị thần, Hypnos và Thanatos, trước khi họ có thể với Hades cho trận chiến cuối cùng.
Thời đại Mạc Phủ. Nơi Kinh Đô không còn là Kyoto, mà là Edo. Một câu chuyện xoay quanh cuộc đời và sự nghiệp chiến đấu của các thành viên trực thuộc Tân Đảng-Tân Tuyển Đảng (Shinsengumi). Với chữ “Thành” thêu trên cờ xí, những kiếm sỹ Tân Đảng coi cái chết nhẹ tựa lông hồng, mục tiêu của họ chính là bảo vệ trị an của một thời đại sắp sửa lụi tàn nhường bước cho Minh Trị thời đại. Một cô bé tên Yukimura Chizuru trên con đường tìm kiếm cha mình đã lạc vào Tân Đảng và cùng chiến đấu với những kiếm
Trong thời đại mà Samurai thống trị Nhật Bản… Shinsengumi đã bị xóa sổ bởi một kẻ tấn công vô danh, chỉ duy nhất một người còn sống sót sau trận chiến. Để bảo vệ an ninh của Kyoto, một chiến dịch thay thế tuyệt mật được thực hiện.
phần 2 sau các sự kiện của trò chơi thứ hai tập trung vào các lục địa bị mất của Mu. Các nền văn minh cổ xưa đã biến mất từ lâu, và một vài trong sốnhững tàn tích của nó vẫn còn tồn tại như những huyền thoại và truyền thuyết gọi là UMAs (Mystery Unidentified vật tương tự như FM-IANS rằngcũng có khả năng kết hợp được với con người). Các UMAs bắt đầu hợp nhấtvới con người để tìm kiếm những kho báu của Mu, các OOPArts mạnh mẽ,mà sẽ cung cấp cho họ khả năng hồi sinh Mu.
Lấy bối cảnh của Tokyo ở một thế giới khác, câu chuyện dõi theo bước chân của Tokunana – một đơn vị tập hợp những người đặc biệt thuộc Phòng Cảnh sát Thủ đô. Tokunana chiến đấu chống lại “Nine” – một tổ chức tội phạm chuyên tôn thờ những con rồng đã từng tồn tại ở thế giới này.