Một học viện trên hòn đảo mà không có con thuyền nào thèm qua lại. Ở đó, học sinh được đào tạo không ngừng nghỉ để chiến đấu chống lại kẻ thù cho nhân loại. Nhân vật chính, một học sinh mới được chuyển đến đó, cũng lên đường với ý định diệt trừ mọi kẻ thù cho nhân loại.
26 năm trước, ở một phòng học năm ba của một trường trung học, có tồn tại một học sinh mang tên Misaki. Với tư cách là một học sinh danh dự, vừa giỏi thể thao lại rất xinh xắn nên rất được bạn bè trong lớp mến mộ. Thế rồi sau cái chết bất ngờ của cô gái xấu số, bạn bè trong lớp quyết định cứ vờ như thể cô ấy vẫn còn hiện diện trong lớp cho đến tận lễ tốt nghiệp. Vào mùa xuân năm 1998, có một cậu bé tên là Sakakibara Kouichi được chuyển qua học đúng phòng học đó, cậu bé bắt đầu cảm thấy nghi ngờ
Nằm ở Tsukishima, Chuo-ku, Tokyo, ngôi đền nổi tiếng "Đền Gaoji" có lịch sử hơn 400 năm. Vị thần mà nó thờ là một yêu tinh ngủ trong nhà được triệu tập đến Nhật Bản từ một thế giới khác vào thời Edo, nhưng giờ chỉ ở lại ngôi đền cả ngày, bị ám ảnh bởi các trò chơi, hoạt hình và nhân vật, đồng thời mắc chứng sợ xã hội.
Ryugamine Mikado là một thiếu niên mong mỏi cuộc sống thú vị chốn thành thị. Nhận lời mời của người bạn thời thơ ấu Masaomi, cậu chuyển trường đến Ikebukuro. Masaomi cảnh báo cậu về nhửng người mà cậu không nên chạm mặt ở thành phố: một kẻ hung hãn ăn mặc như phục vụ quầy, 1 tên cò mồi tin tức, một băng nhóm bí ẩn tự xưng là Dollar.
Năm 1930. Một nhóm người lạ mặt mang theo các nhạc cụ đổ bộ lên ga Tokyo. Họ được gọi là “Jaegers”, người đến để săn ma cà rồng. Trong số đó, có một thanh niên trẻ tuổi với sự trầm ổn và phát ra ánh hào quang khá thường.