Câu chuyện lấy bối cảnh tại thành phố Neo Tokyo năm 0051 G.C. (Galaxy Century). Đã nửa thế kỷ trôi qua kể từ khi nhân loại bắt đầu cuộc sống ngoài vũ trụ. Con người đã đạt được công nghệ định vị với tốc độ ánh sáng, và đã xây dựng cuộc sống trên những hành tinh cùng với người ngoài hành tinh.
Học viện Pháp thuật Arnold là trường học dành cho giới thượng lưu... và Ray White chỉ là một chàng trai bình thường, nhà nghèo. Trên thực tế, anh dường như không quá thành thạo với ma thuật và có một chút hậu đậu.
Trong cuộc chiến tranh nổ ra giữa mối bất đồng ngoại giao giữa Đế Quốc Britannia và Nhật Bản, sau khi bị đánh bại Nhật đã trở thành một thuộc địa của Britannia và đổi tên thành Khu Vực 11, còn người nhật thì bị gọi Eleven, Lelouch Lamperouge tên thật là Lelouch Vi Britannia cùng em gái Nunnally Vi Britannia bị cha đưa sang Nhật.
Một ngày nọ, Thần Vận Mệnh của Trái đất và Thần Lãnh Đạo của Galdardia đã đặt cược. Thần Vận Mệnh đã thua và chọn mười linh hồn tầm thường để trao đổi. Đối với mười linh hồn đó, Thần Lãnh Đạo của Galdardia đã trao cho họ những vị thể mới.
Taking place mere months after the Saber Marionette J OVA series, this newest installment in the Saber Marionette line follows the continuing adventures of Otaru and his clan of selfless, obsessive marionette girls.