Toru Muhyo – một thần đồng và là một chuyên gia về pháp thuật và người trợ lý Jiro Kusano. Cặp đôi này cùng điều tra những điều liên quan đến siêu nhiên và đưa chúng ra ánh sáng.
Ác quỷ Neuro luôn luôn thèm khát được ăn những bí ẩn. Ở địa ngục không thể nào thỏa mãn được cơn đói đó nên Neuro đã lên thế giới loài người nhằm tìm kiếm những bí ẩn.
Sotara là một giáo viên dạy mỹ thuật ở một trường cấp 3 bình thường và được nữ sinh mến mộ. Thế nhưng........dưới cái bộ mặt đạo đức giả ấy, Sotara thật ra là Tí đạo chích (Mouse the Thief) cực kì nổi tiếng. Đạ mấu cờ hó nào mong chờ cảnh hen như trong truyện thì không có đâu nha
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.
Keisuke là một học sinh lớp năm không tin vào ma, UFO, hoặc thậm chí yêu quái. Gần đây, anh đã nhận thấy rằng Natsume đã về nhà trễ, và một ngày quyết định kết hôn với cô. Khi anh phát hiện ra rằng Natsume đi đến một cơ quan thám tử youkai, Natsume buộc phải liên quan đến Keisuke trong các hoạt động của cô.