Sau khi thế giới Digimon có được hòa bình nhờ vào sự giúp đỡ của 8 đứa trẻ đến từ thế giới loài người. Nhưng Tứ Linh lúc này vẫn còn bị kẹt trong phong ấn của Dark Master do Apocalymon tạo ra và để có thể được giải thoát
Câu chuyện diễn ra trong tương lai, khi thế giới đang bị những sinh vật làm ô nhiễm “pollutant” đẩy loài người vào một thành phố di động mang tên Regios. Lei-Fon Alseif, một học sinh năm 1 phổ thông, đã miễn cưỡng tham gia vào đơn vị nghiên cứu võ thuật 17 do một sinh viên năm cuối Nina Antouku dẫn đầu chống lại những “Pollutant Beasts”
Tổ đội anh hùng đã đánh bại được quỷ vương và kết thúc cuộc hành trình của họ. Nhưng thế chưa phải là hết, cuộc đời của cô nàng pháp sư Elf này sẽ còn rất dài, hơn cả những người đồng đội cũ của cô, một cuộc phiêu lưu mới để cô trải qua nhiều cung bậc cảm xúc, cũng như là học hỏi thêm về con người.
Tomozaki là một trong những game thủ giỏi nhất Nhật Bản và theo quan điểm của cậu, trò chơi đời thực là một trong những thứ dở nhất. Không có quy tắc rõ ràng để thành công, sự cân bằng khủng khiếp và chả có ý nghĩa gì. Nhưng sau đó, cậu gặp một game thủ cũng giỏi như mình và cô ta đề nghị dạy cho cậu một vài thứ về game mà cậu chưa biết.
vẫn sẽ là trận chiến của cậu bé mồ côi tên Seiya, khi cậu phát hiện ra thân phận thật sự của mình là một Thánh Sĩ có nhiệm vụ bảo vệ cho sự hồi sinh của Athena, nữ thần của trí tuệ và chiến tranh.