Anime Halo có cốt truyện xoay quanh vị chỉ huy kiệt xuất - anh hùng Master Chief (một chiến binh đã được cải tiến gien nhờ khoa học công nghệ giúp anh có thể sử dụng mọi vũ khí tối tân và đủ trí lực đánh bại kẻ thù ngoài hành tinh Covenants) cùng các đồng đội trong tiểu đoàn thiện chiến SPARTAN, đại diện cho khối liên minh UNSC chống lại thế lực của tộc người ngoài hành tinh Covenants hung bạo
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Inuyashiki Ichirou cuối cùng cũng đã hết vận may của mình. Dù mới chỉ 58 tuổi, vẻ ngoài của ông luôn bị người ngoài hiểu nhầm mình là một ông già thảm hại, và vì thế, ông luôn bị bỏ mặc và không được kính trọng bởi gia đình, mặc dù mọi việc ông làm là đều vì họ
“Tôi có thể nhìn thấy nó. Cách tôi có thể giành chiến thắng…” “Lần này tôi sẽ đánh bại anh ta. Vì vậy, hãy đến với tôi một lần nữa … chấp nhận! ‘Bloom, những bài thủ của linh hồn!” Ở New Kyoto, một thành phố được cai quản bởi “King”, giá trị của một người được xác định bởi sức mạnh của người đó trong trò chơi thẻ giao dịch Build Divide.
Bác sĩ Ido, một bác sĩ và một thợ cơ khí sống và làm việc ở nơi tận cùng của thế giới, bãi rác thải hậu tận thế, đã vô tình phát hiện ra một nữ chiến binh cực kỳ mạnh mẽ, mất trí nhớ trong một đống rác phế liệu.