Câu chuyện được bắt đầu ở một làng quê yên tĩnh, nơi đây có nhiều động vật và người chết bất thường trong một sự cố lạ đời. Để giải quyết vụ án, một người đàn ông có vẻ ngoài kì quặc tên là “Inugami” đã tới từ Tokyo để điều tra.
Bối cảnh phim là một phiên bản khác của thành phố Tokyo, nơi bị tàn phá bởi một cuộc tấn công gây chấn động của bọn khủng bố. Đầu mối duy nhất về danh tính của bọn thủ phạm chính là một video lạ được tải lên mạng. Không chỉ phải đau đầu vì đầu mối này, cảnh sát cũng đang bất lực trong việc ngăn chặn chứng Paranoia (chứng hoang tưởng) đang lan rộng xuyên khắp Nhật Bản.
Shizuma Orikasa, một cựu samurai của tộc Aizu, đã từ bỏ thanh kiếm, cởi bỏ búi tóc và làm nghề lái xe kéo ở Tokyo, nhưng anh vẫn giữ được những kỹ năng kiếm thuật gây chấn động quân đội chính phủ trong Chiến tranh Boshin
Giải đấu bóng đá trẻ toàn thế giới, Football Frontier International Version (FFIV2) được tổ chức, và Inazuma Japan đã được thành lập. Tuy nhiên, các đại diện của Nhật Bản là các cầu thủ tuyển chọn chưa được thấy thi đấu bao giờ, và đây là "đội tuyển sẽ đại diện Nhật Bản" thi đấu với các đội tuyển thế giới!?
Năm 2015, Tổng công ty C C bắt đầu tiêu hủy game online " The World" để tiếp nối một dự án khác dự trên dữ liệu đó. Năm 2016 "The World R:2" được phát hành, .hack//Roots là khoảng thời gian Haseo cùng với Shino và Ovan ở trong hội Lữ Đoàn Chạng Vạng trước khi ra đời game .hack//G.U. PS2