Giang Hộ thời đại sơ kỳ, Đảo Nguyên Loạn đã tạo một cuộc rung chuyển Nhật Bản. Và tâm điểm là thành phố Minami Shimabara, tỉnh Nagasaki. Tại đây, Chí Lang cùng Thời Bát gặp lại Thiến, người bạn thuở ấu thơ từ Tokyo về. Rồi xuất hiện Goron và hành trình bắt đầu từ đây.
Mushishi là một anime của Nhật kể về cuộc hành trình theo dấu chân Ginko, một Mushishi, đi ngao du từ nơi này đến nơi khác để tìm hiểu, nghiên cứu và giúp đỡ những người gặp vấn đề với Mushi (hay còn gọi là "trùng”, một dạng sống khởi nguyên, những sinh vật xa lạ, không hề giống với bất kì loài động thực vật nào, có loài có hại, có loài vô hại và cũng có loài cực kì nguy hiểm).
Sáu năm sau khi các sự kiện của ChäoS;HEAd. sự kiện bất thường bắt đầu xảy ra ở quận Shibuya.
Nakajima Atsushi bị tống cổ ra khỏi trại trẻ mồ coi, đang trên bờ vực của cái chết khi thì quyết định đi cướp để tự cứu sự sống của mình nhưng cậu đã vướng vào rắc rối khi cứu đc thánh cuồng tự tử -Dazai Osamu, để rồi biết anh ta và cộng sự của anh ta là Kunikida là thành viên của một tổ chức "đặc nhiệm thám tử". Họ là những người sở hữu năng lực vượt ngoài tầm của nhân loại.
Miko là một học sinh cao trung điển hình có cuộc sống đảo lộn khi cô đột nhiên bắt đầu nhìn thấy những con quái vật ghê rợn và gớm ghiếc. Mặc dù hoàn toàn vô cùng sợ hãi, Miko vẫn tiếp tục cuộc sống hàng ngày của mình, giả vờ không để ý đến nỗi kinh hoàng đang bao quanh cô.