In A.D. 2031, humans are enjoying a prosperous existence until strange life forms called Hardians appear. They suddenly begin to multiply and assault the human population. As a countermeasure, mankind organizes the N.I.D.F. to investigate the Hardians and protect themselves.
Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ] 7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên
Hakufus dreams of participating in new fights and tournaments are put on hold as new obstacles block her path. Her friends have lost faith in her, new enemies appear, and a younger sister she never knew existed suddenly shows up on her doorstep. If Hakufu ever hopes to compete worldwide, shes going to have to deal with her issues at home first.
Câu chuyện được đặt trong một thế giới mà “Appmon” (rút ngắn cho “Appli Monsters”), sinh vật thông minh nhân tạo được sinh ra trong các ứng dụng di động. Nhân vật chính là Haru Shinkai người được một Appli ổ của riêng mình và mở ra khả năng của mình để mang lại Appmon với cuộc sống nơi ông gặp đối tác của mình Gatchmon.
Sau khi kết thúc giải đấu mùa thu, đội bóng chày của trường trung học Seidou chiến đấu với những gương mặt mới và cũ khi họ bắt đầu giải đấu tại Koshien.