Nhóm năm học sinh cao trung thân thiết với nhau tuy rằng có xuất thân, hoàn cảnh và con người khác nhau. Bỗng một ngày nọ, họ phát hiện ra 1 trong 5 người phải chịu khoản nợ đến 20 triệu yên; và chỉ có tham gia vào "Tomodachi Game" thì mới có thể trả hết nợ.
Câu chuyện diễn ra tại trường tiểu học Heavenly Host, nơi đã bị hủy hoại nặng nề sau những vụ giết người và mất tích của một vài nhân viên và học sinh trong trường. Vào thời điểm câu chuyện bắt đầu, một trường khác là Học Viện Kisaragi đã được xây lên ở vị trí của trường tiểu học cũ. Một đêm, khi mà nhóm học sinh từ Kisaragi đang kể chuyện ma thì một trận động đất bất ngờ đã đưa tất cả đến một không gian khác, nơi mà trường tiểu học Heavenly Host vẫn còn tồn tại và đang bị ám bởi linh hồn của
Có một truyền thuyết được truyền miệng từ những đứa trẻ - một truyền thuyết về một tử thần có thể giải phóng con người khỏi nỗi đau mà họ đang chịu đựng. Tử thần này có tên là Boogiepop. Nhưng đây không phải là một truyền thuyết hư cấu, vì Boogiepop có tồn tại.
Trong xã hội hiện đại có một loại "bệnh tật" mới với những cậu bé và cô gái trẻ nổi bật. Sự cô đơn, sự hoài nghi và xúc phạm thúc đẩy thế hệ này ngày càng đam mê với Internet và công nghệ. Các chuyên gia gọi những triệu chứng này là "Nghiện Internet".
Oribe Mafuyu và Yamanobe Tomo là đôi bạn thân thiết từ thuở nhỏ. Sau khi cha của Tomo đột nhiên biến mất mà không rõ lý do, cả 2 theo học tại một ngôi trường có tên là học viện thánh Mihailov