Đó là ngày đầu tiên của năm học mới. Học sinh lớp 5 Ari và những người bạn thân nhất của cô, Suha và Min đã bắt đầu một hoạt động sau giờ học gọi là Câu lạc bộ giải quyết vấn đề. Tuy nhiên, dường như không ai có bất kỳ vấn đề nào cần phải giải quyết. Ari thất vọng khi phát hiện ra một con chuột lang bất tỉnh trên đường.
Nhân vật nữ chính mới của Magia Record là Iroha, một Ma Trang Thiếu Nữ đang tìm kiếm người em gái của mình tên là Ui đã mất tích ở Kamihama. Và cũng tại Kamihama, Madoka cũng đang tìm kiếm Homura đã bị mất tích.
Karin Hanazono là một cô bé bình thường, không giỏi thể thao, lại luôn bị điểm kém, cô bé sống cùng người dì sau khi cha mẹ mất...Cho đến một ngày, Shii-chan - vật cưng và cũng là người bạn thân duy nhất, chỗ dựa tinh thần của Karin qua đời, cuộc sống của cô bắt đầu thay đổi.Một kẻ đáng ghét tên là Kazune xuất hiện khi cô đang đau buồn vì chuyện của Shii-chan, và rồi.
Chiharu Kashima là đội trưởng của biện pháp đối phó khủng hoảng phận của Cục Wizard. Một ngày, anh gặp một người đàn ông thân thiện mang tên Toyohi Utsumi tại quầy bar ông thường hay lui tới. Ngay sau cuộc họp, Utsumi thú nhận, “Tôi đã rơi vào tình yêu với Kashima-san.” Kashima là sửng sốt, nhưng hai sớm bắt đầu dành nhiều thời gian với nhau.
Marin và Urin, 2 chị em được gọi là "pure" sống trên biển. Nhưng họ luôn hướng tới 1 thế giới bên ngoài mặt biển, sâu trong đất liền.Một ngày nọ, một chiếc nhẫn rơi xuống giữa lòng biển xanh và Marin, Urin nhặt được nó. 2 người quyết định lần đầu tiên sẽ rời biển để tìm trả lại cho chủ nhân chiếc nhẫn. Sau một cuộc hành trình gian nan, họ đến 1 hòn đảo cô độc và ở đây có 1 cô bé cấp 3 sống.Cuộc gặp gỡ giữa 3 người - 2 miko của Biển và 1 miko của Bầu trời - làm thức tỉnh một sức mạnh tiềm tàng