Babylon là câu chuyện hồi hộp kịch tính xoay quanh Zen Seizaki, một công tố viên với Văn phòng Công tố viên quận Tokyo. Trong khi điều tra các hành vi bất hợp pháp của một công ty dược phẩm nọ, Seizaki tình cờ khám phá ra một âm mưu trong cuộc bầu cử cho một “khu vực tự trị mới” được thành lập ở tây Tokyo.
Joe Higan là một Nukenin - một cựu ninja đã trốn thoát khỏi gia tộc của mình và đang trốn tránh quá khứ bạo lực của mình ở vùng nông thôn nước Mỹ cùng gia đình. Một đêm nọ, anh bị phục kích bởi một nhóm sát thủ từ tổ chức cũ của anh
Định mệnh của bạn đang chờ đợi. Nói về thế giới hòa bình bị bao trùm bởi sự tàn phá khổng lồ. Mọi người phải chiến đấu các trận chiến chống lại những con quái vật bí ẩn vì số phận của thế giới.
Sau chiến tranh, những Extend tồn tại rất nhiều khắp đường phố, họ là những người đã bị biến đổi để trở thành một món vũ khí nguy hiểm. Inui Juuzou cũng là một Extend như thế. Anh không còn chút ký ức gì về cuộc sống trong quá khứ của mình, cũng không nhớ ai đã thay cái đầu của mình thành một khẩu súng khổng lồ.
Seth là một phù thủy đầy tham vọng từ khu vực Pompo Hills. Giống như tất cả các pháp sư, ông là một bị nhiễm, một trong số ít những sinh vật sống sót sau sự tiếp xúc của Nemesis - những sinh vật rơi xuống từ bầu trời làm ô nhiễm và phân hủy tất cả những người mà họ chạm vào.