Câu chuyện diễn ra trong thời phong kiến Nhật Bản.Truyện kể về những cuộc phiêu lưu của Jubei Kibagami, một ninja đánh thuê, người có tài dùng kiếm chém gió , người được cho một nhiệm vụ bảo vệ Thánh Long Thạch và bảo vệ Cô Gái Ánh Sáng(Shigure) từ các đảng Hiruko và Kimon.
Sau buổi THE REFLECTION, một số người ở khắp mọi nơi trên thế giới đã khám phá sức mạnh siêu nhiên. Một số thì trở thành anh hùng, một số thì theo tà phái. Reflection diễn ra như thế nào? Nguyên nhân của nó là gì? Với nhiều bí ẩn chưa được giải quyết, thế giới đang dần hỗn loạn
Trong thời đại mà Samurai thống trị Nhật Bản… Shinsengumi đã bị xóa sổ bởi một kẻ tấn công vô danh, chỉ duy nhất một người còn sống sót sau trận chiến. Để bảo vệ an ninh của Kyoto, một chiến dịch thay thế tuyệt mật được thực hiện.
Đã từ rất lâu, quốc gia này bị vây quanh bởi Đế Quốc Giadian, nơi chế tạo những drone được gọi là Legion. Sau nhiều năm nghiên cứu, Cộng Hòa đã chế tạo thành công những drone tự động, biến trận chiến 1 chiều thành cuộc chiến không thương vong—hoặc ít nhất thì đó là những gì chính quyền tự nhận.
Hanasaki Tsubomi là một nữ sinh lớp 8 thích hoa và cây cối. Một ngày nọ cô ấy mơ một giấc mơ kỳ lạ. Trong giấc mơ đó, một cây to đầy bông đã xuất hiện. Đột nhiên nó mất tất cả hoa và một nàng tiên xuất hiện. Vài ngày sau Tsubomi chuyển đến Meidou Gakuen,đột nhiên tiên từ giấc mơ xuất hiện và kêu Tsubomi trở thành chiến binh huyền thoại Pretty Cure và bảo vệ cây Tree of Hearts. Từ đây, những Pretty cure mới ra đời!