Phần mới này bắt đầu khi Tsubasa và đội tới Paris, Pháp để thi đấu trong Giải đấu Thanh niên Quốc tế. Các cầu thủ bóng đá ưu tú của Nhật Bản phải đối đầu với những cầu thủ xuất sắc nhất thế giới bóng đá, bao gồm Schneider của Đức
Câu chuyện diễn ra tại học viện tư thục Buou -một học viện lớn án ngự dưới chân núi Phú Sỹ linh thiêng do gia tộc Tokugawa lập nên. Học viên của trường đều là con cháu-họ hàng của các gia tộc samurai và được đào tạo -huấn luyện các kỹ năng chiến đấu và tư tưởng Mạc Phủ để phục vụ cho Đại Nhật Bản sau khi tốt nghiệp .
Trên lục địa bị cai trị bởi sự hỗn loạn, các chúa tể có quyền lực của một dấu ấn thánh thần có thể làm dịu sự hỗn loạn và bảo vệ người dân. Tuy nhiên, trước khi ai đó nhận ra điều đó, các nhà cai trị đã gạt tín ngưỡng của họ sang 1 bên để làm sạch sự hỗn loạn, và thay vì bắt đầu chém giết lẫn nhau để có được sự thống trị của nhau.
Captain Tsubasa là một câu chuyện đầy nhiệt huyết về cậu bé tiểu học, người luôn có những ước mơ và suy nghĩ liên quan tới tình yêu bóng đá.
Câu chuyện tập trung vào học sinh cao trung năm nhất Tatsuya Yoigoshi, cựu cầu thủ bóng đá nhưng lại không thích thể thao. Chuyện gì mà ngộ nghĩnh vậy? Cậu ta được mời tham gia một đội tuyển cho môn thể thao có tên Kabaddi. Ban đầu cậu chế giễu ý tưởng này nhưng sau khi xem xong một trận đấu, cậu bắt đầu hứng thú với nó.