Câu chuyện kể về chuyến hành trình hướng tới ước mơ của Satoshi và Pikachu. Những đồng đội đã từng du hành trước kia như Kasumi và Takeshi, cũng như các Pokémon mà Satoshi đã từng thu phục và hình thành mối liên kết sâu đậm khắp các vùng cũng sẽ xuất hiện.
Yu-Gi-Oh! là câu chuyện kể về Yugi Muto, một học sinh trường Domino. Tính tình nhút nhát, hiền lành. Cậu là cháu nội của Surodoku Muto. Trước đây, ông cậu vốn là một kiện tướng chơi trò chơi cực kì xuất sắc. Từ nhỏ, ông cậu đã dạy cậu chơi các trò chơi, và ông còn cho cậu một bộ xếp hình. Trong khoảng gần bảy năm, cậu đã tìm tòi và đã lắp ráp được thành Trò chơi ngàn năm(Millennium Puzzle).
Một thuật ngữ cho những người có nhiệm vụ là để bảo vệ thế giới khỏi sự sắp xảy ra trong bóng tối. Renji Hiiragi là một ví dụ Night Wizard, người được gọi là liên tục trên các nhiệm vụ, mặc dù tất cả anh muốn là để có thể đi học và sau đại học.Tuy nhiên, lệnh gần nhất của ông là để bảo vệ Elis Shiho, là một học sinh mới chuyển vào học viện của mình.
Orphen là một nhà pháp sư đã rời khỏi Tháp Ngà Voi danh tiếng. Cậu bắt đầu cuộc hành trình đi tìm Azalie, một cô gái cậu kính nể như chị mình. 5 năm sau khi Azalie biến thành một con rồng và biến mất, họ đã gặp lại nhau tại thành phố Totokanta. Sự thật đằng sau hình dáng kinh khủng ấy của cô là gì? Và bí mật gì ẩn sau thanh gươm của Baldanders?
Tại một thế giới dưới lòng đất nào đó mang tên là Endra được chiếu sáng bởi Adamas khổng lồ. Một ngày nọ, Shun Asanaga - một học sinh trung học 15 tuổi người trên mặt đã vô tình chạm vào 1 tinh thể của người cha cũng là nhà khoa học mình và bị dịch chuyển đến Endra.