Tiếp nối serie về Digimon Xros Wars, câu chuyện lần này vẫn về Kudou Taiki và các nhân vật mới. Câu chuyện lần này sẽ xoay quanh 1 bí mật ở Thế giới tồn tại giữa thế giới con người và thế giới số, nhân vật chính là Akashi Tagiru
Nữ nhân vật chính đang dạo quanh Kyoto Đột nhiên cô được một người đàn ông lạ mặt tặng cho một chiếc đồng hồ bỏ túi bí ẩn. Cô cầm theo chiếc đồng hồ, và khi đi ngang qua cổng ngôi đền torii, cô đã bị dịch chuyển về quá khứ, đến thời đại Mạc Mạt (Bakumatsu) - những năm cuối cùng của thời đại Edo, cách thời điểm hiện tại là 150 năm. Cô phải tìm cách trở về nhà thời hiện tại, nhưng làm thế nào đây?
Một chiếc khinh khí cầu trôi nhẹ nhàng trên bầu trời. Một thị trấn nơi mỗi người sinh ra đều có một khả năng đặc biệt. Sau nhiều năm từ khi rời khỏi đây, Makoto Okano cùng em gái Hinata trở lại thị trấn Kazune, và gặp lại cô bạn thời thơ ấu Minamo, người đã hứa sẽ lấy cậu khi cả hai lớn lên. Câu chuyện của “Wind, a breath of heart” bắt đầu
Câu chuyện kể về Oota Shou - một cậu bé có ước mơ được chơi trên sân Nou Camp của Barcelona để khẳng định chính mình. Ước mơ còn chưa thành thì đội bóng của cậu đã bị giải tán do không đủ cầu thủ (cả đội chỉ còn có mỗi cậu ta). Nhưng sau khi gặp 1 tuyển thủ bóng đá, cậu quyết chí đưa đội bóng của mình trở lại và vươn tới đỉnh cao.
Khi bậc thầy sát thủ Usui Yuen dò xét một loạt các vụ ám sát được thực hiện đối với đại gia tộc samurai, Satsuma, anh đã gặp Kurima Raizo, thành viên và là người còn sống sót sau một trong những cuộc tấn công.