Shinrei Tantei Yakumo kể về cậu nam sinh tên Saitou Yakumo, cậu không phải là một con người bình thường, khi sinh ra cậu đã mang 2 màu mắt khác nhau. Vậy điều này khiến cho cậu có gì đặc biệt hơn người? Người ta đồn rằng đó chính là khả năng nhìn thấy những hồn ma còn vương vấn trên cõi trần chưa thể siêu thoát. Một ngày nọ, Ozawa Haruka đến tìm cậu để nhờ giúp đỡ về một vụ án.
Câu chuyện xoay quanh Makoto Majima, con trai của một người bán hoa quả địa phương, được biết đến với biệt danh “Người gỡ rối của Ikebukuro.” Anh giúp mọi người, từ bạn bè đến những người khó khăn trên đường phố địa phương trong việc giải quyết các sự cố khác nhau.
Dưới cơn mưa rào, trong từng vạt nắng trưa rọi qua tán lá xanh, tiếng ve sầu râm rang, chòm pháo kim ngư lấp lánh. Hương mùa hạ bao trùm lấy tất cả, một bối cảnh thật êm đềm nơi vùng quê hẻo lánh. Câu chuyện xoay quanh cậu bé mang tên Natsume. Natsume có một bí mật mà cậu giữ kín từ lâu: cậu có khả năng thấy được những hồn ma. Trong một lần tình cờ tìm được Hữu Nhân Sổ (quyển sổ có thể sai khiến yêu quái) do bà cậu để lại, Natsume đã biết được lý do tại sao các yêu quái luôn đuổi theo mình.
dùng kỹ thuật gọi là rotoscoping được chuyển thể từ Live Action, hàng khuyến khích coi vào nữa đêm
Phần 3 sẽ là hành trình tìm kiếm ký ức của Makata Jin của nhóm Kaito. Bất ngờ, một cô gái tên là Reatsel cùng hội Master Brain xuất hiện nhằm cản đường họ. Cuộc chiến giữa Kaito và Reatsel diễn ra nhằm tranh giành ký ức của Jin bắt đầu.