Trái Đất trong quá khú đã bị người ngoài hành tinh xâm chiếm. Trong khi lực lượng phòng thủ Trái Đất gần như thất bại, một thế lực bí ẩn lấy hình dạng con người xuất hiện và cứu nguy mọi người.
This series features an original story, which depicts the young geniuses Mei Kamino, a female researcher, and Yun Arikawa, a male engineer, as they take on an unprecedented threat with their companions. When danger comes up from the depths, only young geniuses Mei, Yun, and their team can face the threat in Godzilla Singular Point!
Seigi một cậu bé trung học giỏi võ thuật luôn khao khát bảo vệ những người yếu đuối xung quanh cậu. Trong một lần vô tình giải cứu một người đàn ông vô gia cư khỏi đám côn đồ càn quấy, Seigi đã được người đàn ông đó trao tặng Dấu Ấn - Vũ khí tối mật được Mỹ phát triển đồng thời Seigi cũng bị cuốn luôn vào trận chiến giữa Mỹ và vương quốc Serinistan hùng mạnh.
Khi 3 kẻ hoàn toàn xa lạ với nhau, Mishiba Toki, Nakajou Nobuto và Saitou Kazu được một tổ chức chọn để tham gia vào Bus Game, dưới hình thức là một dạng võ đài đánh nhau ngầm giữa 2 hay nhiều cá nhân ẩn chứa nhiều điều bí ẩn, họ đã quyết định chọn tên cho team của mình là “AAA” (tức là 3 chữ anonymous – nghĩa là kẻ không có tên).
Hakuo gakuen, học viên tiếng tăm về thể dục thể thao, đang suy tàn vì phải đối đầu với trường Seishikan hèn nhát nhưng lại thu hút những học sinh xuất sắc. Để đối mặt với cuộc khủng khoảng này, trưởng nhóm học sinh Hakuo cầu cứu phe Fuma ninja. Bên Fuma gửi Kojiro đến Hakuo để gặp mặt phe Yasha hiện đang đối đầu với Seishikan do Asuka Musashi cầm đầu