Seiichirou Kitano is a naive and kind boy with the heart of an angel and the face of a devil. Upon entering his new school he is presumed to be a villainous heroin addict, and unwittingly becomes the leader of the schools thugs, all thanks to his frightening face.
Having escaped the many horrors of her village, Saya Kisaragi vows to hunt down the monster responsible and make him pay with his life. As she tears through flesh and bone for her vendetta, she encounters SIRRUT, a group of ingenious hackers, who enlist Saya to help them defeat a common enemy—someone she knows all too well.
Ở cuối phần trước, Thiếu tá Kusanagi Motoko đã không còn làm việc cho đơn vị 501 nữa, giờ cô đã được Aramaki tuyển vào Section 9. Và trong khi còn chưa tuyển được thành viên cho đội đặc nhiệm của riêng mình, một kẻ thù tân công toàn bộ hệ thống điều khiển giao thông của thành phố, chỉ có cô và con Logicoma của mình có thể ngăn chặn hắn, tuy nhiên cô không thể làm việc này một mình...
Câu chuyện xoay quanh cô học sinh trung học đang ấp ủ một tình yêu nồng cháy, cô đã đem lòng sáng tác nên bài hát với ước mong trao gửi cho người trong mộng, nhưng rồi bài hát đó lại liên quan đến sinh mệnh của đa thế giới, cô học sinh trung học này sẽ phải đối đầu với số phận như thế nào?
Hai năm đã trôi qua, kể từ khi Cloud sử dụng năng lượng “Dòng sinh mệnh” để ngăn chặn sự huỷ diệt của Jenova, cả hành tinh tưởng chừng chỉ toàn những màu xanh của cây cối.